Commercialisée au Japon en décembre 2000, la WonderSwan Color est la seconde console portable de Bandai. Elle succède à la WonderSwan monochrome, dont elle conserve la philosophie : proposer une machine compacte, économique et dotée d'une grande autonomie, tout en corrigeant son principal handicap face à la concurrence, l'absence de couleur. Son nouvel écran peut afficher 241 couleurs simultanément parmi une palette de 4 096 teintes, et sa conception reste particulièrement économe en énergie puisqu'une seule pile AA suffit à son fonctionnement. La console conserve également la disposition originale des commandes permettant de jouer à l'horizontale ou à la verticale, ainsi que la compatibilité avec les cartouches de la première WonderSwan. À son lancement, elle doit affronter la Game Boy Color, solidement installée, mais aussi préparer l'arrivée de la Game Boy Advance, commercialisée quelques mois plus tard en mars 2001. Bandai tente de compenser cet avantage de Nintendo par un prix attractif et des partenariats éditoriaux, notamment avec Square, dont les célèbres jeux de rôle constituent un argument commercial important au Japon. La WonderSwan Color parvient ainsi à prolonger la présence de Bandai sur le marché des consoles portables, même si elle reste exclusivement distribuée dans l'archipel. En 2002, le constructeur propose une nouvelle révision, la SwanCrystal, équipée d'un écran TFT offrant une meilleure lisibilité, sans modifier fondamentalement les capacités de la plateforme.
Le catalogue de la WonderSwan Color se distingue particulièrement par les productions de Square, qui trouve dans cette console l'occasion de remettre en valeur plusieurs de ses classiques. Final Fantasy et Final Fantasy II bénéficient de nouvelles versions aux graphismes retravaillés, tandis que Final Fantasy IV rejoint également la machine. Ces adaptations jouent un rôle important dans son identité, à une époque où les relations commerciales entre Square et Nintendo restent marquées par le passage de la série Final Fantasy sur PlayStation. D'autres titres, comme SaGa, Romancing SaGa et Front Mission, renforcent l'orientation de la console vers les jeux de rôle et de stratégie. Bandai continue parallèlement d'exploiter ses licences populaires, notamment Digimon et Gundam, tandis que des productions comme Judgement Silversword démontrent les possibilités de la machine dans le domaine du jeu de tir. Malgré cette ludothèque variée et quelques exclusivités recherchées, la WonderSwan Color souffre de la progression rapide de la Game Boy Advance, de la puissance commerciale de Nintendo et d'une diffusion limitée au Japon. La famille WonderSwan disparaît finalement du marché au début des années 2000, laissant derrière elle une collection de jeux originaux et plusieurs adaptations remarquées. Elle demeure l'une des rares tentatives à avoir durablement concurrencé Nintendo sur son propre marché, tout en illustrant les difficultés rencontrées par les fabricants japonais pour imposer une console portable sans distribution internationale.
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