Histoire
Un demi-siècle après la deuxième campagne de X-COM, la bataille de T'leth a gravement endommagé la biosphère terrestre.
Afin d'assurer la survie de l'humanité, d'immenses mégalopoles autonomes ont été construites. La première d'entre elles, Mega-Primus, s'élève sur les ruines de Toronto.
Une nouvelle menace apparaît cependant sous la forme d'extraterrestres organiques venus d'une autre dimension. Ils pénètrent dans la ville par l'intermédiaire de mystérieux portails de téléportation.
X-COM doit comprendre comment traverser ces portails afin de porter le combat jusque dans la dimension ennemie.
Les recherches révèlent progressivement un véritable cycle de vie extraterrestre et l'existence des Micronoids, des organismes unicellulaires intelligents vivant dans le sang des autres créatures.
Leur objectif est d'infecter des personnalités importantes afin de prendre secrètement le contrôle de Mega-Primus par domination psionique.
Pour arrêter définitivement l'invasion, X-COM devra pénétrer dans le monde des extraterrestres et détruire leur côté du portail.
Résumé
En tant que commandant de X-COM, votre mission consiste à combattre l'agression extraterrestre et à découvrir les véritables intentions de l'ennemi.
Mais l'infiltration extraterrestre touche aussi bien la ville que sa vie politique et peut vous attirer l'hostilité de gangs criminels, de sectes religieuses et même des forces de police.
Les flottes extraterrestres envahissent le ciel, les créatures terrorisent la population et le chaos règne partout.
Bienvenue dans la guerre. Bienvenue dans l'Apocalypse.