Histoire
Deux mois après les événements de Rise of the Tomb Raider, Lara Croft et son ami Jonah Maiava poursuivent leur lutte contre Trinity. Leur traque les conduit jusqu'à Cozumel, au Mexique, où Lara découvre un temple abritant la Dague de Chak Chel ainsi que des références à une mystérieuse cité cachée.
Les fresques du temple évoquent également la Boîte d'argent d'Ix Chel et mettent en garde contre le « Nettoyage », une apocalypse maya devant culminer avec une éclipse solaire permanente.
Ignorant les avertissements, Lara s'empare de la dague afin d'empêcher Trinity de la récupérer. Pedro Dominguez, chef du Haut Conseil de Trinity, lui révèle alors qu'en retirant l'artefact, elle vient elle-même de déclencher le Nettoyage.
Dominguez récupère la dague et compte la réunir avec la Boîte afin de contrôler son pouvoir et de remodeler le monde selon sa propre vision.
Après avoir survécu au tsunami qui ravage Cozumel, Lara et Jonah poursuivent Dominguez jusque dans la jungle péruvienne. Leur voyage les mène à Paititi, la cité cachée représentée sur les fresques.
Lara découvre que Dominguez est en réalité Amaru, beau-frère de la reine Unuratu et dirigeant d'un culte consacré à Kukulkan. Enlevé durant son enfance et élevé par Trinity, Amaru souhaite accomplir un ancien rituel afin de protéger Paititi et de reconstruire le monde.
La quête de la Boîte d'argent entraîne Lara au cœur d'une guerre opposant Trinity, les habitants de Paititi et les Yaaxil, mystérieuses créatures chargées de protéger l'artefact.
Unuratu est finalement tuée, mais demande à Lara d'achever le rituel tout en résistant au pouvoir de la Boîte. Lara découvre également qu'Amaru est responsable de la mort de son père.
Alors que les cataclysmes se succèdent et menacent Paititi, Lara s'allie aux Yaaxil pour interrompre la cérémonie d'Amaru. Celui-ci parvient malgré tout à absorber le pouvoir de Kukulkan.
Après un ultime affrontement, Lara le vainc et reçoit à son tour ce pouvoir. Tentée de l'utiliser pour ramener ses parents à la vie, elle choisit finalement d'y renoncer et accomplit le sacrifice nécessaire pour mettre un terme au Nettoyage.
La catastrophe évitée, Lara reste quelque temps à Paititi pour aider à reconstruire la cité avant d'envisager sa prochaine aventure.
Résumé
Alors que Lara Croft tente de sauver le monde d'une apocalypse maya qu'elle a elle-même contribué à déclencher, elle devra affronter les conséquences de ses actes et devenir la Tomb Raider qu'elle était destinée à être.